Все о ПЦР тесте на коронавирус

Особенность пандемии COVID-19 в том, что, попав в организм человека, вирус SARS-CoV-2 вызывает симптомы заболевания, схожие с ОРВИ и гриппом (температура, кашель, ломота в теле и т.д). Однако лечению по протоколам, утвержденным для этих болезней, не поддается. Поэтому важно идентифицировать возбудитель инфекции. Один из методов диагностики – ПЦР-исследование. Что такое ПЦР анализ на коронавирус, как и когда делается, что показывает, эксперт сайта LechuGuru.com рассказывает подробно.

Что такое ПЦР тест на коронавирус

ПЦР тест на коронавирус, известный как метод полимеразной цепной реакции, — это вид генетического исследования биоматериала человека в лабораторных условиях, позволяющий обнаружить в биопробе наличие вируса SARS-CoV-2.

В основе метода лежит уникальность генов каждого живого организма (человека, животного, бактерии, вируса, растения). Гены состоят из нуклеотидов, которые выстраиваются в очень длинную цепочку строго специфично, т.е. в определенной последовательности и комбинации. Набор генов образует хромосому — хранителя генетической информации. Две нити хромосом, закрученных спиралью относительно друг друга, называются ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота). Одна нитка — РНК (рибонуклеиновая кислота).

«Кирпичики» (нуклеотиды) бывают 5 видов. У ДНК:

• тимин (Т);
• аденозин (А);
• гуанин (Г);
• цитозин (Ц).

Всего четыре. Пятый у РНК, вместо тимина (Т), — урацил (У).

Различия между ДНК и РНК в количестве нитей хромосом и видов нуклеотидов ничего не дает для ПЦР анализа. Ключом для метода стало открытие комплементарности нуклеотидов ДНК (сделал американский ученый Кэри Бенкс Му́лли). Его суть в том, что напротив аденина (А) в одной цепочке ДНК обязательно стоит тимин (Т) в другой цепочке, а напротив гуанина (Г) — цитозин (Ц). Схематически все это выглядит следующим образом:

• А-Т
• Ц-Г
• Т-А
• Г-Ц
• Т-А
• Ц-Г.

Это означает, что встроиться в цепочку ДНК другому геному, даже однотипному, невозможно. А вот к РНК-хромосоме схожая цепочка пристраивается легко, удлиняя ее.

На этом и основана ПЦР диагностика коронавируса.

Суть метода

У пациента берется биопроба. Для коронавируса это мазок из носа и зева. Специальными реагентами выделяются имеющиеся в пробе ДНК и РНК. После этого в пробирку вводится так называемая «затравка» или праймер — РНК вируса, который ищется в пробе. При этом чем длиннее участок хромосомы в «затравке», тем точнее результат. После генетический материал размножается. Один цикл длится около 3 минут. Всего нужно 30-50 циклов. Все исследование занимает 2-3 часа.

На этом полимеразная цепная реакция заканчивается. Далее следует не менее значимый этап: идентификация. С помощью электрофореза все нити ДНК и РНК разделяются по размерам. При наличии длинных нитей результат реакции положительный. Остались той же длины — результат отрицательный.

Исходя из методики проведения исследования, ложноположительных и ложноотрицательных результатов не должно быть. Особенно ложноположительных — удлиниться участок хромосомы-затравки без имеющегося РНК коронавируса в пробе не может.

Однако медики постоянно сталкиваются с ошибочными результатами обоих видов. Связано это с отсутствием подготовки к тесту на коронавирус и перекрестными реакциями. Первые исследования по методу ПЦР показали, что на точность результатов оказывает влияние то, откуда медработники и как берут мазок на коронавирус.

Влияет на достоверность результатов и точность прочтения генома коронавируса производителями праймера. Более подробная информация о ложноположительных тестах на короновирус здесь.

Преимущества и недостатки метода

У метода есть ряд преимуществ и некоторые недостатки.

Плюсы:

• находится сам возбудитель заболевания, а не его следы;
• одну пробу можно использовать для нахождения любых вирусов, поселившихся в организме — достаточно поменять праймер, точнее, добавить другую «затравку»;
• позволяет выявить вирус сразу после заселения в организм, во время инкубационного периода;
• оперативность — результаты становятся известными через 2-3 часа, а заключение выдается через 5-7 часов, если, конечно, нет огромной загруженности лаборатории;
• высокая чувствительность — реагирует даже на единичный вирус;
• невысокая стоимость, сравнимая с лабораторными анализами крови.

Минусы, присущие только при анализе на коронавирус:

• строгое соблюдение инструкции при заборе пробы;
• перекрестные реакции;
• при коротких цепочках генного участка в праймере может реагировать на коронавирусы других видов.

Какие данные показывает

ПЦР-анализ дает ответ, инфицирован или нет сдавший биопробу человек. И все. На какой стадии находится болезнь, было ли ранее заболевание COVID-19 — данная диагностика ответить не в состоянии.

Кому необходим ПЦР-тест на короновирус

В связи с большой загруженностью лабораторий на бесплатной основе (оплачивается страховой компанией по ОМС), проходят тестирование на наличие вируса SARS-CoV-2 следующие категории граждан России:

• вернувшиеся из-за границы, независимо от того, есть признаки ОРВИ или нет;
• посетившие регион (область) с неблагоприятной эпидемиологической обстановкой (в большинстве случаев по требованию работодателя для допуска на рабочее место в соответствии с рекомендациями Роспотребнадзора);
• заболевшие воспалением легким для идентификации возбудителя инфекции;
• имевшие контакт 1 уровня с инфицированным ковид человеком (что такое контакт 1 уровня можно посмотреть здесь);
• граждане старше 65 лет с небольшими симптомами простуды;
• хронические больные с признаками ОРВИ или гриппа (перечень хронических болезней можно найти по ссылке);
• переболевшие «короной» для допуска на работу;
• оформляющие санкнижку или проходящие очередной медосмотр (по требованию работодателя);
• оформляющие курортную карту (некоторые здравницы требуют справку об отсутствии контактов с зараженными ковид больными, что не требует сдачи анализов на ПЦР-исследование).

Во всех остальных случая тест можно сделать на платной основе в любое время.

Приоритетные категории лиц

В первую очередь тест делается взрослым больным с симптомами короновируса, беременным, при появлении первых признаков простуды, и ребенку, при затрудненном дыхании, а так же всем, имевшим контакты с инфицированными. Ведь среди них много бессимптомных больных: болезнь как таковая не проявляется, а они стали источником заражения. Во вторую, для всех остальных случаев.

Как проводится исследование по методу ПЦР

Методом ПЦР в организме можно найти любой вирус или бактерию. Для этого нужна биопроба зараженного организма. При этом для обнаружения одних возбудителей воспалительных процессов берется кровь из вены, других — выделения из мочеполовых путей, а для диагностирования короновируса нужен мазок из носоглотки.

Время показало, что огромное количество ошибочных тестов в начале пандемии было вызвано тем, что и медицинские работники, и пациенты не знали, как правильно сдавать анализ на ковид 19.

Как подготовиться к сдаче анализа на COVID-19

По прошествии значительного времени с начала пандемии, пришло понимание того, что нужна подготовка к ПЦР на коронавирус. В связи с этим Роспотребнадзор на своем официальном сайте опубликовал рекомендации, как подготовиться к сдаче ПЦР на ковид.

1. Сдавать анализ сразу после приема пищи нельзя. Интервал должен быть 3-4 часа. Но, все же, лучше натощак. Причина в том, что во время еды слизистая вместе с вирионами короновируса механическим путем слущивается вместе с комком пищи. В итоге может оказаться, что во взятой пробе недостаточно материала.
2. Нельзя пользоваться лекарственными средствами местного применения для горла и носа (капли, спреи, антисептики), а также делать ингаляцию — велика вероятность получения ложноотрицательного теста.
3. Под запретом и прием алкоголя — этиловый спирт отрицательно воздействует на короновирус. При большой концентрации сразу его убивает, более низкой — снижает активность. Поэтому после приема любых алкогольных напитков вероятность обнаружения вируса падает.
4. Чистка зубов в день забора мазка отменяется. Зубная паста содержит антисептики, которые могут повлиять на результат исследования. Кроме этого, чистка зубов предполагает и полоскание рта, что также отрицательно сказывается на достоверности ПЦР-теста.
5. Желательно отказаться (полного запрета нет) и от косметики. Если удается взять мазок без соприкосновения с губной помадой, то проблем не возникает. Попадание в пробу косметических средств замедляет ПЦР-реакцию. Поэтому косметику лучше нанести после сдачи пробы.

Выполнение простых рекомендаций позволит получить достоверный результат.

Откуда берутся мазки

Не менее важно, откуда взят мазок. Например, в первые месяцы тестирования на ковид мазок делался в носу на недостаточной глубине. Как результат, КТ показывает наличие ковидной инфекции средней и тяжелой формы, а ПЦР тест дает отрицательный результат.

Так длилось до тех пор, пока не была обнаружена особенность процедуры: мазок нужно делать глубже. Поэтому выработана инструкция по забору пробы: мазки делаются с миндалин, небных дужек, задней стенки ротоглотки и в носу на глубине не менее 2 см.

Когда берутся пробы

Роспотребнадзор в своих рекомендация указывает также на какие дни берутся мазки на коронавирус.

При обращении за медицинской помощью с симптомами на коронавирус или выявленном контакте 1 уровня на 1 и 3 (4) день. При постоянном контакте с больными (медперсонал, волонтеры, ухаживающие за инфицированными) — 1 раз в неделю. Во время самоизоляции — на 10 день.

Алгоритм проведения теста

После взятия пробы тампон помещается в пробирку. Его упаковка, маркировка, хранение и транспортировка производятся в соответствии с рекомендациями Роспотребнадзора, изложенными в письме «О направлении временных рекомендаций по организации лабораторной диагностики новой коронавирусной инфекции (2019-nCoV)» от 21.01.2020 г № 02/706-2020-27.

После доставки пробы, алгоритм работ следующий:

1. с помощью специальных ферментов выделяются все виды ДНК и РНК, находящиеся в пробе;
2. к генному материалу добавляется праймер — участок хромосомы РНК короновируса;
3. ДНК и РНК размножаются.

На этом ПЦР-тестирование заканчивается. Остается исследовать содержимое пробирки на наличие длинных цепочек РНК вируса SARS-CoV-2.

Сколько делается по времени, какая точность

Сколько тест на коронавирус делается по времени зависит от нескольких факторов:

• загруженности лаборатории;
• срочности теста;
• вида системы ПЦР.

Поэтому в платном диагностическом центре результат можно получить в тот же день, в государственных лабораториях срок 2-3 дня.

Точность теста зависит в первую очередь от соблюдения условий забора пробы, во вторую — от вида праймера. Чем больше участок РНК представлен в «затравке», тем точнее результат.

Где можно сдать мазок на ковид

Вопрос, где сдать анализ на коронавирус, в настоящее время перестал быть актуальным. В 2021 году анализ можно сдать по ОМС в государственных лабораториях по направлению лечащего или участкового врача, в частных центрах, получивших лицензию на проведение ПЦР-анализов, на платной основе. В первом случае никто не знает точно, сколько придется ждать результата, во втором можно получить результат исследования на короновирус за 1 день.